La ontología es una cuenta sistemática de la existencia. En Ayurveda, el método de “saber” a través de la experimentación y la evidencia directa se puede comparar con “Pratyaksa pramana”, que es solo una de las cuatro formas de “saber”.
Aptopadesa (conocimiento obtenido de ciertos individuos que han renunciado a necesidades materiales), Anumana (observación) y Yukti (conclusión lógica de los fenómenos observados) son las otras tres formas.
Las filosofías galileanas y cartesianas adoptan métodos reduccionistas y verificación experimental, que son la premisa de la biomedicina.
El principal desafío al comparar las ontologías de los dos sistemas se refiere a la falta de vocabulario apropiado para compartir e interpretar. Además, la falta de entidades comparables exactas debido a las diferentes epistemologías de los dos sistemas puede ser el otro obstáculo.
La definición biomédica exacta de terminologías, como Pancamahabhuta, Tridosha, es decir, vata, pitta y kapha, dravya guna sastra, prakriti, agni, ama y varias otras, no existe hoy en día, ni pueden compararse con una sola entidad.
